Durch 7+1 Steckplätze konnten zusätzlich RAM, ROM, Diskettenkontroller, Co-Prozessoren und Schnittstellen nachgerüstet werden.
Der Apple IIgs konnte die riesige Softwarebibliothek des Apple II verwenden, dazu kamen neue Programme mit Macintosh-ähnlicher Benutzeroberfläche (GUI). Der eingebaute Ensoniq Soundchip stammte aus Synthesizern für den professionellen Einsatz.
Als Betriebssystem kam das GS/OS zum Einsatz, mit grafischer Oberfläche und Mausbedienung. GNO/ME, ein UNIX-artiges Betriebssystem, erlaubte präemptives Multitasking unter dem GUI.